炭疽桿菌能產(chǎn)生毒力很強(qiáng)的外毒素，其是由三種毒性蛋白即保護(hù)性抗原（protectiveantigen，PA)、水腫因子（edema factor，EF)及致病因子（lethal factor，LF)所組成的復(fù)合體�？梢鸾M織水腫和出血。其莢膜多糖抗原可保護(hù)該菌不被吞噬細(xì)胞所吞噬。
炭疽桿菌芽孢常從皮膚侵人，在皮下迅速繁殖產(chǎn)生強(qiáng)烈外毒素和形成抗吞噬的莢膜，引起局部組織缺血、壞死和周圍水腫以及毒血癥。其莢膜多糖抗原可阻礙細(xì)胞吞噬作用，使該菌易于擴(kuò)散而引起鄰近淋巴結(jié)炎和毒血癥，以至侵人血流發(fā)生敗血癥醫(yī)學(xué)全在線搜集整理。
該菌也可以從呼吸道吸入，引起嚴(yán)重肺炎和肺門淋巴結(jié)炎；或經(jīng)胃腸道侵人，引起急性腸炎和局部腸系膜淋巴結(jié)炎。也有經(jīng)口咽黏膜侵人的，引起口咽炭疽。患肺炎和腸炎者易發(fā)生敗血癥。如發(fā)生敗血癥，則該菌播散全身，引起各組織器官的炎癥，如并發(fā)血源性肺炎和腦膜炎等。
炭疽桿菌的外毒素可損傷微血管的內(nèi)皮細(xì)胞而釋放出組織凝血活酶，導(dǎo)致DIC，也可引起微循環(huán)障礙而發(fā)生感染性休克。
