臨床細(xì)菌實(shí)驗(yàn)室的主要工作是從臨床標(biāo)本中分離出病原菌并進(jìn)行準(zhǔn)確鑒定，同時(shí)指導(dǎo)臨床合理應(yīng)用藥物，為臨床診斷、治療、預(yù)后和流行病學(xué)調(diào)查以及醫(yī)院內(nèi)感染的監(jiān)控提供可靠的依據(jù)。絕大多數(shù)標(biāo)本中不僅僅分離出一種細(xì)菌，并不是所有分離到的細(xì)菌都要逐一進(jìn)行鑒定。另外，鑒定細(xì)菌的試驗(yàn)項(xiàng)目及方法很多，對一種細(xì)菌的鑒定也不需要做所有的試驗(yàn)。所以，對于不同來源的標(biāo)本了解應(yīng)該鑒定哪些細(xì)菌以及鑒定到何種程度，選擇哪些必要的試驗(yàn)項(xiàng)目，對正確地完成細(xì)菌鑒定工作是十分必要的。
一、診斷對象和診斷目的
感染性疾病病原菌的種類不斷發(fā)生變遷，過去威脅人類的傳染病如鼠疫、霍亂、白喉等已明顯減少，相反，由條件致病菌引起的內(nèi)源性感染卻明顯增多。同時(shí)，新的病原菌不斷出現(xiàn)，原有的病原菌因變異、耐藥等又重新流行。目前，醫(yī)院臨床實(shí)驗(yàn)室遇到的主要是條件致病菌，它們在機(jī)體抵抗力下降，菌群失調(diào)或天然屏障防御功能被破壞時(shí)引起感染。正常菌群與國家醫(yī)學(xué)網(wǎng)病原菌的致病性差異是相對的，既不要輕易認(rèn)為從病人標(biāo)本中分離出的非致病菌是污染菌，也不要輕易認(rèn)為所發(fā)現(xiàn)的細(xì)菌就是該感染的病原菌，必須結(jié)合臨床進(jìn)行進(jìn)一步的診斷。
了解標(biāo)本來源，有助于對病原菌的正確診斷。機(jī)體的某些部位是無菌的，如檢到細(xì)菌即可視為病原菌，如血液、腦脊液、骨髓等。對于存在正常菌群的部位，應(yīng)區(qū)別標(biāo)本中是致病菌還是常居菌群的污染，如痰標(biāo)本，咳出時(shí)必經(jīng)過存在大量正常菌群的口咽部，了解口咽部常居菌群的種類對正確挑選致病菌是必要的。一種細(xì)菌鑒定到哪一水平，取決于診斷的目的。
1．以疾病的病原學(xué)診斷為目的
一般情況下只需鑒定到細(xì)菌的種，必要時(shí)再進(jìn)一步鑒定。
2．為提供治療方案為目的
可以進(jìn)行臨床標(biāo)本的直接藥物敏感試驗(yàn)，還可根據(jù)分離出病原菌的種類直接提供選擇抗生素的范圍和種類。因?yàn)椴簧偌?xì)菌對某種藥物有天然耐藥性，如肺炎克雷伯菌對氨芐青霉素耐藥，洋蔥伯克菌對慶大霉素耐藥。由于細(xì)菌耐藥性的產(chǎn)生及變遷，使傳統(tǒng)上對某一細(xì)菌首選敏感藥物卻成為耐藥性最強(qiáng)的藥物，如M RSA 對青霉素的耐藥�；诖朔N情況，臨床上對分離的病原菌都要作進(jìn)一步的藥敏試驗(yàn)，以期提供更可靠的治療方案。
3．以作流行病學(xué)研究為目的
必須對病原菌做進(jìn)一步的鑒定，往往要鑒定到型（血清型或基因型) 的水平。只有這樣才能明確傳染源的所在。
4．以了解細(xì)菌與感染的關(guān)系為目的
一種類型的感染可以由不同種細(xì)菌引起，一種細(xì)菌也可以引起多種類型的感染�，F(xiàn)已知以前那些曾經(jīng)被認(rèn)為不致病的細(xì)菌在某些情況下會引起人體的感染。要了解這類細(xì)菌的致病性，必須進(jìn)行細(xì)致的鑒定。
二、診斷試驗(yàn)選擇
鑒定一個(gè)細(xì)菌，盡可能用一個(gè)菌落做全部鑒定試驗(yàn)。如果一個(gè)菌落不夠，應(yīng)考慮采用純培養(yǎng)，即挑取單個(gè)菌落接種于斜面培養(yǎng)基，經(jīng)過培養(yǎng)即可獲得大量純培養(yǎng)物。
對一株細(xì)菌準(zhǔn)確鑒定應(yīng)綜合多種特性進(jìn)行分析。但臨床實(shí)驗(yàn)室每天要處理大量標(biāo)本，且由于經(jīng)濟(jì)原因不可能做很多種試驗(yàn)，進(jìn)行全面分析鑒定，因而需要選擇一些合理的試驗(yàn)項(xiàng)目用于常規(guī)檢測。挑選試驗(yàn)應(yīng)以既能完成病原學(xué)鑒定又使試驗(yàn)項(xiàng)目盡可能少而快速為原則。
1．選擇有鑒定價(jià)值的試驗(yàn)
要對兩種細(xì)菌進(jìn)行鑒別，須選擇一項(xiàng)兩種菌呈現(xiàn)絕然不同結(jié)果的試驗(yàn)，即一種菌呈現(xiàn)陽性（陽性反應(yīng)的菌株陽性率須大于90 ％)，另一菌為陰性（陰性反應(yīng)的菌株陽性率應(yīng)小于10 ％)，這項(xiàng)試驗(yàn)才有鑒定價(jià)值。否則，就沒有鑒定價(jià)值。比如，在腸桿菌科鑒定中，選用苯丙氨酸試驗(yàn)可將變形桿菌屬與其他菌分開，選用葡萄糖酸鹽試驗(yàn)將克雷伯菌屬與其他菌分開，而選蔗糖、麥芽糖等試驗(yàn)幾乎無價(jià)值。
2．選擇簡易、快速、方便的試驗(yàn)
①鑒定一種細(xì)菌可能有多種特異的方法，沒必要逐一進(jìn)行試驗(yàn)，只選其中一或兩種達(dá)到目的即可，多選無意義。如金黃色葡萄球菌凝固酶試驗(yàn)、耐熱D N A 酶試驗(yàn)、甘露醇分解試驗(yàn)均陽性，只選較簡單的凝固酶試驗(yàn)就足夠了。② 選擇操作簡便、快速的方法。如鞭毛染色、觸酶、氧化酶、血漿凝固酶試驗(yàn)及一些微量方法，這樣既省時(shí)又經(jīng)濟(jì)。③選用復(fù)合培養(yǎng)基，一次操作可同時(shí)看幾個(gè)生化反應(yīng)， 如克氏雙糖鐵（KIA )，動力靛基質(zhì)脲酶（MIU)等。如此可簡化操作，節(jié)約人力物力。
3．綜合考慮試驗(yàn)的敏感性和特異性
敏敏感性＝所有陽性結(jié)果數(shù)／所有感染病人數(shù)， 試驗(yàn)敏感性越高，假陰性結(jié)果就越少。特異性＝陰性結(jié)果總數(shù)／未感染病人總數(shù)，特異性越高，假陽性結(jié)果越少。試驗(yàn)的敏感性和特異性是相互聯(lián)系的，試驗(yàn)的敏感性增加，會使特異性下降，反之亦然。
三、常用診斷流程
完成一個(gè)細(xì)菌的鑒定要做多項(xiàng)試驗(yàn)，將結(jié)果與醫(yī)師招聘網(wǎng)已知的細(xì)菌特性進(jìn)行比較，才能最后確定。在選擇試驗(yàn)項(xiàng)目以及分析試驗(yàn)結(jié)果時(shí)應(yīng)遵循一個(gè)合理且思路清晰完整的思維模式，避免不必要的重復(fù)，少走彎路。因此，在臨床細(xì)菌鑒定中常借用一些簡便的流程和方法。
1．雙歧索引
在細(xì)菌的鑒定中經(jīng)常選用的方法。主要針對那些相互區(qū)別比較容易，有較特殊特征的細(xì)菌。雙歧索引是表明鑒定思路的一種流程，使用起來非常方便。如革蘭陰性桿菌初步分群的鑒定流程（圖1)。
對于相互區(qū)別較難的細(xì)菌，鑒定項(xiàng)目較多，雙歧法會很繁瑣，用起來不太方便。
2．表解法
將各種細(xì)菌及其多種特性列成矩陣表格，使相互的區(qū)別點(diǎn)十分明顯， 便于分析比較。此法對于相互區(qū)別比較復(fù)雜的細(xì)菌，如腸桿菌科的初步分屬（表58 －1)。
表1 腸桿菌科初步分屬
3．?dāng)?shù)字編碼鑒定法
編碼是即將所得生化反應(yīng)模式轉(zhuǎn)化成數(shù)學(xué)模式，可以把某一細(xì)菌的全部生化反應(yīng)結(jié)果轉(zhuǎn)化成數(shù)字，經(jīng)查閱檢索手冊又可將該數(shù)字轉(zhuǎn)化成細(xì)菌名稱。編碼的原則是：鑒定細(xì)菌的各種微量生化反應(yīng)管組成系列試劑，將生化項(xiàng)目排序并依次進(jìn)行分組，每組中的每個(gè)試驗(yàn)都有其一個(gè)數(shù)值代碼。試驗(yàn)陽性時(shí)結(jié)果用其數(shù)值代碼表示，試驗(yàn)陰性時(shí)結(jié)果則用0 表示，將每組中各試驗(yàn)結(jié)果加起來得一總值，這樣按順序各組總值組成的數(shù)碼組合，即為檢索編碼。查編碼手冊，該編碼所對應(yīng)的細(xì)菌名稱即為鑒定結(jié)果。如表2 所示腸桿菌科細(xì)菌生化編碼鑒定。
表2 腸桿菌科細(xì)菌生化編碼鑒定表
根據(jù)試驗(yàn)結(jié)果判定數(shù)碼組合為13766 ，查編碼手冊， 即可找到對應(yīng)的細(xì)菌。數(shù)字編碼鑒定已有商品成套供應(yīng)，由于操作簡單，鑒定方法易于掌握， 被臨床實(shí)驗(yàn)室廣泛采用；而且這種數(shù)碼分析與電腦分析軟件配套，形成了半自動或全自動細(xì)菌分析系統(tǒng)。
