一、特異性目的核酸（或基因)的制備
核酸分子探針的制備首先需要獲得所要的特異性核酸或其片段。可用以下方法制備：
�。�1)直接分離基因核酸：即從基因組上直接用內切酶切下所需基因。
�。�2)化學合成基因核酸：即以單核苷酸為原料，以固相磷酸三酯法合成某一結構完全清楚，分子量較小的寡核苷核。
�。�3)酶促合成核酸：在真核細胞中獲得特異的結構基因。常用方法是以mRNA為模板，利用逆轉錄酶合成單鏈cDNA，再以大腸桿菌DNA聚合酶I合成雙鏈的結構基因。
�。�4)RNA探針。
二、目的核酸的擴增
在獲得特異的目的基因后，可用以下方法大量擴增制備：①用體外DNA重組技術與載體DNA相連，轉化至大腸桿菌中進行無性繁殖。以氯化銫超速離心純化重組質粒DNA，并以合適限制性內切酶消化，經凝膠電泳制備回收特異的目的核酸片段。②聚合酶鏈式反應（Poly－merase chain reaction, PCR)擴增技術：利用這種先進技術能簡便快速制備大量特異性目的核酸片段。PCR技術的基本原理是利用DNA聚合酶依賴于DNA模板的特征，在體外用一對和欲擴增DNA片段的兩側序列互補的引物誘發(fā)聚合反應，即雙鏈DNA先高溫變性，然后在低溫下與引物退火，再在中等溫度進行鏈延伸反應。上述在三種不同溫度下的變性、退火和延伸為一個循環(huán)反應，重復這種循環(huán)反應可使DNA獲得指數(shù)性倍增，例如經過35個循環(huán)反應，DNA可擴增1×108倍以上。
