(一)太醫(yī)院
鴉m.f1411.cn/jianyan/片戰(zhàn)爭以前，清代醫(yī)事制度多沿襲明朝舊制。順治元年(1644)設太醫(yī)院為獨立的中央醫(yī)事機構。為帝后及宮內(nèi)人員診視疾病、配制藥物，也擔負其他醫(yī)藥事務。最初設院使一人(正五品)，左右院判各一人(正六品)，掌太醫(yī)院事。其下設御醫(yī)10人、吏目30人、醫(yī)士40人、醫(yī)生20人、切造醫(yī)生20人，分掌所屬事務。以后歷朝，院官員額各有增減，雍正八年(1730)添設食糧醫(yī)員30人。乾隆二年(1737)題準食糧醫(yī)員之設永為定例。自院使以下各官具為漢缺，乾隆五十八年(1793)特簡滿大臣一人，管理院務。
院官的升除。院使由左院判升補，左院判由右院判轉(zhuǎn)補，右院判由御醫(yī)升補。御醫(yī)、吏目、醫(yī)士等官，初由各省選舉精通醫(yī)理的人報太醫(yī)院，由院考選補用。
(二)御藥房
御藥房是供應宮內(nèi)所需藥物的炮制及各型成藥加工制備的機構，順治十年(1653)設，屬總管首領內(nèi)監(jiān)經(jīng)理�？滴跞�(1691)裁總管首領內(nèi)監(jiān)，改派內(nèi)管領一人，副內(nèi)管二人兼管。
御前藥房分東西二所，由太醫(yī)院醫(yī)官輪流為皇帝值班。西御藥房由院使、院判、御醫(yī)、吏目分班侍直，叫作“宮直”。東御藥房由御醫(yī)、吏目、醫(yī)士分班侍直，叫作“六直”。
圓明園藥房、西范壽藥房，太醫(yī)院亦如給事于內(nèi)廷，都派醫(yī)官侍直�；实垩残遥汗倩蚍钪继嘏�，或按班輪委隨駕侍直。
(三)藥庫
藥庫，也稱生藥庫。由醫(yī)士中選委二員管理藥庫，買辦藥材，二年一換，升授吏目。凡各省出產(chǎn)藥材地方，每年照例解運藥材，交納藥庫由管庫委官驗收貯存。其藥材均以生藥交進，經(jīng)管理藥庫醫(yī)官驗看，由御藥房處于差役地位的“蘇拉醫(yī)生”或以民間召募的“民醫(yī)生”切造、炮制備用。
清代對東北地區(qū)所產(chǎn)人參實行皇家專采專賣制度，作為最高統(tǒng)治者宮廷特供生活的重要經(jīng)濟來源和保障。因之，御藥房的人參使用，控制較嚴，實行交請應用辦法，無定額限制，用完時，開明耗費數(shù)量，并將需用數(shù)及職名奏呈，再行請用。
(四)社會撫恤組織
清初仿照明朝制，有施藥例。順治間曾在北京景山東門外建藥房，令醫(yī)官給滿漢軍民施藥，康熙中期曾一度擴充，在五城地方設廠施藥，至四十年(1701)停止。
清代統(tǒng)治者及地主、豪紳、為了緩和階級矛盾，興辦有養(yǎng)濟院、普安堂、育嬰堂及粥廠等，讓會撫恤組織，收養(yǎng)社會上的貧孤無靠者，以示恩澤民眾。
養(yǎng)濟院明代已有，英宗天順間諭戶部令順天府在大興、宛平二縣各設養(yǎng)濟院一所。清沿前代例，在京都及全國各地設置養(yǎng)濟院，養(yǎng)贍鰥孤寡獨，殘疾無依靠的人，政府撥給銀兩和口糧，地方士紳有樂于資助者，任其捐獻。乾隆間還把年逾六十或成篤疾者、不能食力的軍流等犯人，撥入養(yǎng)濟院，按名給孤貧糧。
京城及外省還有普濟堂，收養(yǎng)無依靠的體弱多病老年人。乾隆初年定，大口日給米八合，小口減半。
我國自古以來把“慈幼”視為美德，宋淳佑間，創(chuàng)立慈幼局收養(yǎng)道路遺棄初生嬰孩。清代則有育嬰堂創(chuàng)立，收養(yǎng)拋棄或無力養(yǎng)育的嬰兒。
鴉片戰(zhàn)爭以前清代醫(yī)學教育，設教習培養(yǎng)醫(yī)官人才，分為內(nèi)教習與外教習兩種，各置教習2人，由御醫(yī)、吏目中選品學兼優(yōu)者充任。內(nèi)教習住在東御藥房，擔任教授藥房的太監(jiān)學習醫(yī)書。外教習擔任教授初進太醫(yī)院教習廳肄業(yè)生及醫(yī)官子弟學習醫(yī)學。凡到院學習者，通常要經(jīng)六品以上同鄉(xiāng)官員推薦，滿人要經(jīng)該管佐領推薦，并由本院醫(yī)官作保，由首領官而試，粗知醫(yī)理，且通曉北京話，合格者方可入學，稱之為醫(yī)生。入院學習后，m.f1411.cn/zhicheng/稱為肄業(yè)生。
醫(yī)學分科曾3次改制，順治間分為大方脈科、小方脈科、痘疹科、傷寒科、婦人科、瘡瘍科、針灸科、眼科、口齒科、咽喉科、正骨科等11科。嘉慶二年(1797)痘疹科并入小方脈科，口齒咽喉合為一科成為9科。嘉慶六年(1802)奉旨以正骨科劃歸上駟院蒙古醫(yī)生兼充，成為8科。道光二年(1822)奉旨以針灸之法究非奉君之宜，太醫(yī)院針灸一科永久停止，成為7科。同治五年(1866)改為大方脈科(傷寒科、婦人科并入)、小方脈科、外科(即瘡瘍科)、眼科、口齒咽喉科等5科。教學內(nèi)容主要是《內(nèi)經(jīng)》、《本草綱目》、《傷寒論》、《金匱要略》，以及有關本專科的醫(yī)書，后來又增習《醫(yī)宗金鑒》，并漸以之為主要教科書。一般肄業(yè)生學習3年期滿，由禮部堂官來主持考試，合格者標為醫(yī)士，不合格者繼續(xù)肄業(yè)，以待再考。凡肄業(yè)一年以上，經(jīng)季考3次，名列一等者，遇糧生有缺，可呈報禮部遞補，不再考試。
清代在地方雖也開辦醫(yī)學，并規(guī)定了考試制度，但規(guī)模小。府設正科，州設典科，縣設訓科，名額各為一人，俱未入流。雍正元年(1723)題準，命各省巡撫，詳加考試所屬醫(yī)生，對精通《內(nèi)經(jīng)注釋》、《本草綱目》、《傷寒論》者，題請作為醫(yī)學官教習，每省一人，準其食俸三年，此間，如果工作曲奮慎重，品德正派，即上調(diào)太醫(yī)院，授為御醫(yī)，其遺缺，由本省習醫(yī)人內(nèi)揀送補授。
有清一代的醫(yī)學教育，雖然大體上沿襲宋明以來的制度，但趨向衰弱，不復歷代興盛，具有悠久傳統(tǒng)的民間家傳與師徒相授成為主要教授醫(yī)學形式，造就出不少醫(yī)學名家。
醫(yī)德教育為中國歷代醫(yī)家重視，至清尤然。在他們的醫(yī)著中，幾乎都要論述做為一名醫(yī)生必須具有的道德修養(yǎng)，教育后人，醫(yī)德規(guī)范大體可以歸納為；(一)不圖名利；(二)急病人所急；(三)貧富一視同仁；(四)珍重人的生命；(五)謙虛謹慎，互相學習。
