南京醫(yī)科大學(xué)藥學(xué)院創(chuàng)建于2002年6月。藥學(xué)院由藥理學(xué)系（省重點(diǎn)學(xué)科，全國臨床藥理基地、江蘇省產(chǎn)學(xué)研研究生聯(lián)合培養(yǎng)基地)和毒理學(xué)系（省重點(diǎn)學(xué)科)發(fā)起，從國內(nèi)外引進(jìn)藥物化學(xué)、藥劑學(xué)、藥物分析學(xué)、生化藥學(xué)、生物技術(shù)、天然藥物學(xué)等學(xué)科的高層次人才，整合原基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院化學(xué)教研室并聯(lián)合江蘇省人民醫(yī)院藥劑科，經(jīng)過2年的建設(shè)，藥學(xué)院已初步建成教研相長的教學(xué)研究型學(xué)院框架，初步建立生物醫(yī)學(xué)型的藥學(xué)教育模式，堅(jiān)持面向臨床，服務(wù)經(jīng)濟(jì)建設(shè)的辦學(xué)宗旨。
學(xué)院目前設(shè)有臨床藥學(xué)、基礎(chǔ)藥學(xué)、藥學(xué)、藥政管理、醫(yī)藥貿(mào)易等五個藥學(xué)專業(yè)方向，2002年招收臨床藥學(xué)專業(yè)方向?qū)W生28人，2003年招收基礎(chǔ)藥學(xué)等四個專業(yè)方向?qū)W生156人，其中澳門學(xué)生1人。2004年招收藥學(xué)、臨床藥學(xué)、醫(yī)藥貿(mào)易專業(yè)方向?qū)W生167人。
學(xué)院現(xiàn)有教職員工47人，其中教師33人，實(shí)驗(yàn)室技術(shù)人員8人，行政管理人員7人。教師中正副教授（相當(dāng)職稱)10人，博導(dǎo)1人、碩導(dǎo)3人，具有博士學(xué)位者8 人，碩士學(xué)位者 17人，碩士生以上學(xué)歷教師占75.8%，學(xué)校特聘教授1人。
學(xué)院現(xiàn)有8個教研室，分別為基礎(chǔ)化學(xué)、有機(jī)化學(xué)、分析化學(xué)、物理化學(xué)、藥劑學(xué)、藥物化學(xué)、藥物分析、藥理學(xué)（臨床藥理)。2004年9月，省級重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室——江蘇省基因藥物技術(shù)中心在藥學(xué)院成立。學(xué)院另有1個新藥研究中心，1個化學(xué)綜合教學(xué)實(shí)驗(yàn)室和1個藥學(xué)綜合教學(xué)實(shí)驗(yàn)室。天然藥物、生物制藥和藥事法規(guī)與管理等教研室正在籌建中。
